基本的には発行同人に連絡をとって入手するものである。しかし、連絡先を知るためにはまずその同人誌を入手して連絡先を知る必要が生じるので、場合によっては同人誌の存在を知ってはいるものの、連絡がとれずに入手出来ないこともある。そのため、関連する商業誌に紹介ページが用意されることが多い。また『宇宙塵』のような中核的同人誌に掲載されることで、他の同人の存在が周知されることもある。また、同人になることでしか入手できない場合・または購読会員という形で同人に所属することを必要とする場合もある。CLAMPを筆頭とする女性系サークルのように通販を一歩進めて、ニュースペーパーを発行するなど購読会員としての囲い込みを行うところも少なくない。
市場の拡大が進んだ漫画・アニメ・ゲームの世界では、コミックマーケットを初めとする同人誌流通のための市場である同人誌即売会での入手が一般的である。現在は同人誌を専門に扱う書店（同人ショップ）などでも購入が可能であるが、多くは流通コストを加味した高い価格になりがちである。ネットでの販売も行われており、サークルの持つウェブサイトを利用した通販が多いが、デジタルで作成されたデータをPDF形式で頒布することもある。
一方、文学系同人誌は旧来の発行同人に連絡を取って入手するか、発行同人の事務所が存在する地域にある委託書店で購入する以外の方法は極めて少ない。また、出版形式はもちろん、連絡手段や宣伝などを含め、コンピュータの利用は漫画・アニメ同人誌と比べると、利用が非常に低いことは大きな特徴である。「ぶんぶん!」「文学フリマ」など、文学系同人誌の即売会も少数ながら存在する。
同人誌を取り巻く状況
同人誌市場の拡大と営利化
当初、同人誌を頒布する機会はほとんどなく、僅かにSF大会や、学漫であれば文化祭などで頒布する以外は、制作者近辺でしか流通しなかったが、1975年のコミックマーケット第1回開催により状況が一変する。コミックマーケットの開催目的は、一般流通で頒布することのできない、素人による同人誌専門の流通市場の創設だった。当初、32サークル、参加者700人で始まった同人誌即売会という市場の出現は、それまで制作者と読者が同一であった同人の世界に、明確な「読者」という存在を作り出した。翌年、同即売会の運営母体であった迷宮発行の『萩尾望都に愛をこめて』に掲載された萩尾望都作品『ポーの一族』のパロディ『ポルの一族』によって、エロ要素を含むパロディが同人誌において重要な存在となっていく。 そしてパロディが主流となっていく中、廃れ行く創作系においても新たな展開を模索する動きがあり、京都を中心に活動した球面表着（きゅうめんひょうちゃく）のように漫画以外に特集コーナーなどの雑誌的要素を取り入れるものもあった。
その後、市場の拡大により同人誌印刷を行う印刷所も増え、それに伴う印刷コストの低減、DTPの普及、コピー、プリンター等の低価格化によって、形態は多様化していった。同時に内容も、創作漫画、漫画批評、アニメファンジンに止まらず、パロディやサブストーリー、エロティックな描写や小説など多様化した。1980年代前半にはロリコン、アニパロが、後半にはやおいがキーワードとなる同人誌が流行した。また、1990年代に入ると、グラフィックが十分な性能を備え出したことからかゲームに対しても、攻略、サブストーリー、エロパロなどの同人誌が増えていった。対象も広がり、鉄道やコンピュータ、モバイルなどあらゆる分野について、技術的な内容（特に裏情報）を深く掘り下げたもの、噂やパロディなど商業誌では取り上げられない内容を扱うものも出現している。
その一方、同人誌活動の営利化（商業化）という問題がある。本来は経済的利益の追求とは無関係に趣味として作成と販売が行なわれていた同人誌だが、おたく人口の増大とマーケット拡大により、特に人気同人誌の売り上げ額は非常に大きくなった。一定数の売り上げが見込めるほど流通市場が拡大したことにより、プロやセミプロの作家が同人誌で小遣い稼ぎをするという光景も見られるようになった。その反面、同人誌は商業誌が商業利益追求のために切り捨てた部分を補う役目を果たすようになっている。商業誌で人気がないため連載が打ち切りになったり、出版社の倒産などで掲載誌そのものが廃刊となった場合に、作家が自己の作品の続きを同人誌で発表したり、単行本化されない作品を同人誌で発行するという形も見られる。原稿が散逸したり、出版権などの権利関係が複雑で商業ベースでの復刻が難しい作品を、同人誌で復刻したりすることが行なわれている。
税務署はそれまで同人誌の売上収入に対して所得税の課税を行なってこなかったが、イベントでの同人誌やグッズ販売により得た利益を申告せず、6000万円の追徴課税を受けた者が現れて以降、同人誌の売り上げに対しても課税処分を行う動きが活発化しつつある。これに対応して、プロが同人誌を出す場合、税理士に相談して所得が発生しないようにする場合がままある。同人誌で生活していると言える作家の場合、ページ数の少ない本を大量に発行することによって、必要経費を多く算入する工夫をしている。また、こういった発行物を大量に仕入れ、ネットオークションや漫画専門の古書店に売りさばく「転売屋」と呼ばれる存在もある。
同人誌と青少年を取り巻く問題
特にコミックを中心とする同人誌での性描写に対し、青少年の健全な育成を主張する勢力から、環境犯罪誘因説や割れ窓理論などを根拠に、表現規制を求める声が毎年強まっており、後述の著作権よりも一層深刻な問題となっている[3]。
その一例として「青少年健全育成条例」（都道府県によって名称は異なる）や「児童ポルノ法の改正案」で導入を進めている「実在しない児童の絵や声（準児童ポルノ）に対する規制案」および「(準)児童ポルノの単純所持に対する罰則の新設案」など、児童の保護を口実に同人誌を含むコミックの性表現を規制しようとする運動があり、少なくともどちらか一方が可決されれば、規制の際の論拠として十分足りるものとなる。
さらに、前述の改正案が可決され、性表現の規制が厳しくなれば、今度は「コミックの規制に乗じ、暴力・犯罪などの表現も合わせて規制」しようとする動きもある[4]。同人誌においては、性描写の全くない同人誌までも規制しようとする動き[要出典]まで見られるようになっており、特に地方では死活問題となっている。
また、幾つかの市民団体や推進派らが管理者（地方公共団体、企業など）に対し、公共施設（コンベンションセンター（展示場）、多目的ホール、貸し会議室など）を同人誌即売会の会場として提供しないよう陳情する運動も行われ[要出典]、後述のように東京都立産業貿易センターが同人誌即売会の会場（特に成人向け同人誌）として提供することを拒否し始めるなど、首都圏内においては次第に活動が困難となりつつあり、近畿圏や地方においても（保守的な気質の地域は特に）その影響を強く受けていることから、大手同人ショップの実店舗が地方へ進出されない原因のひとつになっている（青少年への影響論によるものだけでなく、地方での需要や採算がないこともまた、実店舗が進出しない原因にある）[要出典]。
これらの運動は、同人誌には文学系のものなど芸術性の高いものもあり、また必ずしも全ての同人誌の内容が卑猥かつ反社会的とは言いきれないにもかかわらず、「同人誌や同人ソフトは全て低俗で反社会的なもの」[要出典]という、誤った認識や偏見に基づく不当な運動である場合もある。
その一方で、一般的な感性の人々が嫌悪するような性描写のある、いわゆる『成人向け』の同人誌などが数多く存在するのは否めない事実であり、それらが同人誌即売会において、一般向けとの区分が曖昧なまま購買側の年齢などの確認が充分に行えない方法で販売されていることに対しては、何らかのゾーニングが必要であるとの問題意識もある[5]。しかし、成人向けではないものを含む全ての同人誌即売会について、高校生も含めた児童の参加を一律に禁止すべきとする、モラル・パニックに近い批判の声まで上がっており、仮に性描写のある同人誌の販売を一切禁止するなどの規制を敷いたとしても、そのような状態に陥っている層からの理解は得られないともみられており、同人に対する汚名の返上が困難を極めている。
特に2000年代の情勢を考慮して、2006年以降のコミックマーケットでは修正関連も含めて規則を強化している。また、2007年8月23日に起きたわいせつ図画頒布容疑での同人作家の逮捕や、同年10月下旬に起きた同人誌即売会に対しての会場（東京都立産業貿易センター）の貸し出し拒否の波及などを受け、印刷業組合や各同人誌即売会の主催者などは、ガイドラインの制定や規則に沿った修正を確実にするよう促している。
なお、日本（世界）最大の同人誌即売会であるコミックマーケットに固有の、安全性や地域住民の理解・会場確保に関する問題については、コミックマーケットの項を参照されたい。
同人誌と著作権問題
同人誌市場における著作権慣習
現行の日本の著作権法では、フランス知的保有権法典第122条の5第4項のパロディ条項のようなパロディを正面から認める法理が存在せず、判例・通説もパロディを例外として認めていないため、原作の著作権者の許諾を得ることなく二次創作物を不特定多数への販売することは、原則として著作権侵害となる。一方で、漫画というメディア自体がパロディを高度な表現手段として確立してきた経緯、商業作家が自らの作品のパロディを同人誌で作成する状況などがあり、一面的な法解釈についての疑問もある。
ディズニー、サンライズ、任天堂やコナミのように、二次創作物に対し法的手段を用いて積極的に規制する企業がある一方で、ファンクラブの延長線としてとらえ[6]、又は宣伝効果や相乗効果を期待して、著作権元に実害が及ぶような内容や著しく反社会的な態様の作品でもない限り、あえて黙認[8]している著作権者も少なくない[9]ため、一概に無許諾ともいえない状況にある[10]。
また、一部の企業にはガレージキット（キャラクターのフィギュアなど）などを中心に即売会会場で制作者に利用を許諾し、比較的少額の対価で販売権を与える（『当日版権』という呼称）などの発展的な試みをしている場合があり、有力パロディ元の一つであるアダルトゲームメーカーでは、一定のガイドラインをもうけた上で二次創作を認めるなど、明示の許諾に切り替える動きもあるが、多くの企業は現時点ではこの問題に未着手である。
出版社やコンテンツ配給会社なども、同人誌即売会の有名作家をヘッドハンティングして質の高い作家を集めたり、新人賞などをとった作家の修行先としての役目を果たしている側面もあるため、黙認しているのが現状である。さらに講談社では、コミックマーケットの企業スペース内に少年マガジン編集部ブースを出展し、原稿持ち込みを受け付けるなど、むしろ積極的に認めるかのような行動を取っていたこともある。
個人においても、プロを志す者がその過程の一つとして二次創作物を制作する場合がある。すなわち、二次創作の元となる作品を供給している側も、かつては自分が二次創作によって創作技術を磨いてきたという事実がある。中には、プロとなってからも同人誌等で堂々と二次創作を行っている例も多い。また、高いレベルの二次創作家がプロにスカウト、またはスポット的な仕事をすることがある。こういったことにより「消費のみのファン - 二次創作家 - プロ作家」の区分が流動的になっている。その意味では、二次創作はプロ作家などの有力な供給源で[11][12][13]、作品の多様性と高品質を支えており、消費のみのファンにとっては製作側に親近感を抱きやすくし、製作側にとっても消費側との乖離を防ぎニーズを吸い上げやすくしていると言える。
他の先進国（特にアメリカ）と異なり、このように著作権侵害に当たるような行為を著作権者が「黙認」することによって、製作側・消費側ともに断続面のない厚い地層が形成されていることが、現在の日本における漫画・アニメ隆盛の原動力の一つとなっていると言え、既にほとんどの製作側にとっても不可分と言える。
ワンス ボデオ モンクレ シガト ドレア パーコレ スタート メジャー ピーエイ ソフトダ ロッド たむぽえ フレム パンジー 羅生門 ブリスベ 便利に イチゴ ストッ ニット えいか ハンド ジース カーネリ ドラー あいら パンゲア オブラ ジンサ スカジー ドルペッグ うたまくら えいこう モルディブ たいゆう ニオブ 美女と野獣 ドーマ トップ トパイ ダウンベ ナビルポ ナトリ ろぎょ オーニソム 雪舞い マルチ タイトルラ トリ キャメ
一方で、著作権法で容認され、文章系では当たり前に行われている批評などのための引用も、著作権元の許可が必要という認識が強い。これは企業のみならず、同人も含めた作家についても同様である。小林よしのりと上杉聰らの間で争われた「『脱ゴー宣』裁判」では絵の引用が争点となったが、2002年（平成14年）4月26日に、絵の引用は合法とする最高裁判決が出ている（ただし、レイアウトの改変は違法とされた。）。
この判決は、コミックマーケットがシンポジウムで取り上げるなど、同人誌にもある程度の影響を及ぼした。しかし前出のサンライズなど、現在でも判例を無視して一切の画像利用禁止を告知している企業もある。
著作権紛争の発生事例
そのような中、2005年12月30日に開催されたコミックマーケットで「AQUA STYLE」というサークルから頒布される予定だった「MALIGNANT VARIATION FINAL」という映像作品が、著作権元から警告を受けて販売中止になったとして、各所で波紋を呼んでいる。
警告が成されたのは全ての準備が整ったコミックマーケット開催前日で、約4万枚の全てが廃棄処分に追い込まれ、サークルは300万円を超す損失となった。1枚1890円で総売り上げが7000万円以上になる事から、さすがに無視できなくなったとされる。ただし、実際に警告を受けたのは「FINAL」ではなく、同じ「MALIGNANT VARIATION」（通称「マリグナ」）シリーズの「味を見ておこう」で、警告のタイミングが自主回収とイベント頒布中止の直前であったため混同されている。だが、どちらの作品も著作権侵害映像作品であり、作品の種類・名称を問わず問題であることは明らかである。
当の警告を発した著作権元は明らかにされていないが、警告後にイベント専売用に製作された映像作品「KITE'S BIZARRE ADVENTURE」が事実上「MALIGNANT VARIATION」シリーズの後継作であり、その作品に今まで出てきていた特定のキャラクターが出なくなった事から、そのキャラクターを扱う著作権元が警告主ではないかと、インターネット掲示板等で噂されている。
当時、同時期に同ジャンルのサークルが多数警告を受けており、ある程度は想像することができるが、警告を受けたサークル側が警告主を類推（特定）できる方法を取り、著作権的に問題のある映像を警告後も販売し続けている事実が物議を呼んでいる。
また、同年田嶋安恵が「田嶋・T・安恵」の名義で都市伝説を元にした「ドラえもんの最終回」を発表。2006年になってからは各メディアでも取り上げられ、問い合わせがあるなど反響の大きさに慌てた出版元の小学館と著作権元の藤子プロが著作権侵害を通告し、田嶋に在庫の廃棄処分と不当に得た利益の返還を命じた（ドラえもん最終話同人誌問題）。この事件は、原作者が物故者という状況下における事例であって、この影響がただちに他へ波及するとは考えにくいが、同人誌における二次創作物への各出版社の今後の対応が注目されている。
非親告罪化への動き
著作権侵害の非親告罪化への動きも、同人誌関係者には不安要素となりつつある。
現在、著作権侵害の刑事罰は親告罪であり、著作権者からの告訴がない限りは刑事責任は問われない[14]。このことが、著作権者によるパロディ同人誌の黙認に刑事司法上の一定の効果を与えている。しかし、非親告罪化された場合、黙認は通用しなくなり、常に事前かつ明示の許諾を求められる可能性がある。
『朝日新聞』2007年5月26日号「著作権が「脅威」になる日 被害者の告訴なしに起訴、共謀罪でも」（丹治吉順）によると、日本は「模倣品・海賊版拡散防止条約」の制定を提案している。しかし、アメリカ合衆国から「海賊版摘発を容易にするため、非親告罪化を盛り込んで欲しい」という要望[15][16]があり、条約提唱国としては、国内の著作権法も条約に合わせて改正するのが望ましいとされた。そこで、文化庁文化審議会著作権分科会法制問題小委員会で3月から審議が始まった。
また、同記事によると、文化庁の審議とは別に、国会で審議が進んでいる共謀罪法案には、自民党の修正案3案のうち2案で、著作権法を共謀罪の対象としている。自民党案をとりまとめた早川忠孝衆議院議員は、「犯罪組織が海賊版を資金源にすることを防ぐのが目的」と述べている。
ここで注意しなければならないのは、海賊版とパロディ・二次創作物の本質的な違いである。海賊版は創作性のない複製物[17]であり、なんら創意工夫をせずに利益を得る手段である。パロディ・二次創作物は、二次的ではあっても創作物である。これらは現行の著作権法では一括りにされているが、本来は一括りにされるようなものではない。
編集者の竹熊健太郎は、非親告罪化によって、警察・司法が独自の判断で逮捕することが可能になれば、「商業的な出版・放送・上演・演奏のみならず、コミケの二次創作・パロディ同人誌などにも深刻なダメージが加わる可能性がある」と指摘。「俺を含めて多くの作家・マンガ家・同人誌作家・ブロガーは何か書く場合でも無意識のパクリがないかどうかおっかなびっくり書くことになり、ひいては表現の萎縮につながりつまらん作品ばかりになるかもしれないので俺は反対だ」[18]と主張した。
また、クリエイターの小寺信良は、行使する側が模倣と創作の違いが分からない場合、クリエイターの活動を萎縮させかねないとコメントした[19]。
^ 明六雑誌（1873年）を日本最初の同人誌とする説もあるが、文学の分野においては『我楽多文庫』を最初と考えてよい。
^ 小山内伸「岐路に立つ「同人誌」――「文学界」での「評」打ち切りに」『朝日新聞』2008年11月11日付朝刊、第13版、第34面。
^ 「性描写の問題」と「著作権の問題」は本質的に別の問題ではあるものの、二次創作では常にこの問題が相関し、同列の問題として扱われることもしばしば起こる。
^ ITmedia News：2007年10月25日「漫画・イラストも児童ポルノ規制対象に」約9割──内閣府調査。なお、調査は2007年9月13日から同月23日までの期間、個別面接によって行なわれ、有効回収率は約6割であった。
^ ゾーニングが有効であるとする前提の下に、コミックとらのあなやメロンブックスのような大手同人ショップの店舗で販売する場合、成人向けと一般向けを明確に区別することにより、少しでも児童(ここでは18歳未満の意。以下一部除き同様)の目から隔離されるよう、多少の配慮がなされている。なおこれは厳密に言えば、児童が手に取れないように区別しているではなく、単に売り場を分けているだけなので、ゾーニングではなく、実際は単なるパーティショニングである。海外の先進国の場合は、表現の規制こそ日本より緩いように思われるが、そもそも成人向けの作品は、成人しか入場できない店舗でしか販売できないように区別するのが普通である。また、児童への販売が発覚した場合は、販売者も処罰される。日本のように誰にでも入店できる店舗で、便宜上のゾーニングを行うだけで成人向けコンテンツを堂々と販売するという形式は、先進国の中では特殊な部類である。
^ ただし、同人ショップなどの商業流通に乗せられたものは「ファンクラブ活動」の範囲を逸脱しているとして摘発されるケースも多い。一方で、規制に積極的とされる企業であっても、コミケットなどの同人イベントでの摘発事例はなく、「子供の落書きにまで規制を入れる」ディズニーを別とすれば、摘発はこれらの商業流通のものに限られていた。しかし、ビデオやDVDなどの映像作品については摘発される可能性が高く（サークルと無関係の業者による無断複製の海賊版から連座的に摘発された事例もある。）、また大規模化（例えば、深夜アニメやアダルトゲームの場合、本編の売り上げを超える規模で二次創作物が頒布されることも多くなり、看過できる範囲を超えることがある。）したため、個別に警告が出されるケースもある。
^ 積極的に規制が行われているような著作物については、いわゆるオタク層に見放されることがあり、オタク層向けのコンテンツでこれを行うと、グッズ展開や続編コンテンツ自体が不調に終わることもある。
^ 黙認とは、黙って認めることであり、認める意思がなく単に黙っているに過ぎない場合は本来、含まれない。
^ 特に性表現を含めない限りにおいては、多くが黙認されている。
^ 許諾の意思がない場合との識別が困難ではあるものの、その意思に基づく限りにおいて、著作権者による黙認には事実上の許諾という側面もある。ただし、「ときめきメモリアル」（コナミ）のように黙認と思われていた状態から突然、法的手段の行使に至る場合や、「しまじろう」（ベネッセ）のように、一旦許諾したものを突然取り消してファンクラブ活動が休止に追い込まれるケースもある。
^ ただし、同人誌の経験がある、あるいは同人出身とされる作家の中には、商業誌の代わりの発表の場として同人誌を選んだだけで、二次創作とは全く関係のないオリジナル作品しか創作していない者や、単に同人誌の経験もあるというだけで、実際はアシスタントや持ち込みの経験から評価されてデビューの機会を与えられた者も多い（これらは、1980年代初頭までにデビューした作家に多い。）。また、現在に至る二次創作物が登場し始めた1980年代以降であっても、そもそも同人とは全く関係のない出自の作家も多数いる。
^ 近年では逆に、元々同人誌とは無関係だったプロ作家が、不人気、出版元とのトラブル、あるいは高齢や健康上の理由による引退などから発表の場を同人誌に移すケースも増えており、二次創作とは無関係なオリジナル作品（中にはプロ時代に未完で終了した連載の続編や、過去作の外伝などを発表するケースもあるが、これは場合によっては二次創作物とみなされることもある。）を発表することが多い。
^ 女性向けやコンピュータソフト制作（同人ソフト）を中心に、「プロ同人」と呼ばれる、同人活動のみで生計を立てる者もいる。これらは、商業誌などからプロデビューのオファーがあっても、スケジュールの自由度を奪われるなどの理由で辞退することが多い。原作の著作権者や税務署など、当局からはアマチュアとはみなされておらず、これらのサークルが二次創作を行った場合や過剰な性表現の作品を発表した際に摘発に至るケースが多い。
^ なお、損害賠償などの民事責任は、刑事責任とは独立して問われる。ただし、この場合も著作権者からの訴えの提起を必要とする。
^ 2006年12月5日付日米規制改革および競争政策イニシアティブに基づく日本国政府への米国政府要望書（「日米規制改革および競争政策イニシアティブに基づく日本国政府への米国政府要望書 2006年12月5日」）には、「知的財産権保護の強化」のための要求の一つに「起訴する際に必要な権利保有者の同意要件を廃止し、警察や検察側が主導して著作権侵害事件を捜査・起訴することが可能となるよう、より広範な権限を警察や検察に付与する。」がある。
^ また、この他に著作権保護期間の50年から70年（個人著作物の場合。法人は95年）への延長要求などがある。
^ この場合、デッドコピーのことを指す。
^ たけくまメモ：2007年5月21日 【著作権】とんでもない法案が審議されている